知网查重识别目录失败可能由多种原因引起。首先，可能是目录结构不清晰，导致知网无法正确识别目录信息。其次，可能是文件格式不兼容，或者文件过大导致查重失败。另外，网络连接不稳定也可能影响知网的查重识别。针对这些问题，可以尝试重新整理目录结构，调整文件格式或大小，确保网络连接稳定。另外，及时更新知网软件版本也可以提高查重成功率。

另外，知网查重识别目录失败还可能与知网服务器问题有关，或者是用户权限设置不当导致。在遇到查重识别目录失败的情况时，建议先检查网络连接是否正常，确认文件格式和大小是否符合要求，然后尝试重新进行查重操作。如果问题仍然存在，可以联系知网客服寻求帮助，他们会根据具体情况提供相应解决方案。保持软件更新，及时反馈问题，是避免知网查重识别目录失败的有效方法。