知网查重会做标记的主要原因是为了保证学术诚信和学术规范。知网作为国内知名的学术资源平台，重视学术诚信，因此会对文献进行查重，并在查重结果中标记出重复部分。这有助于学术界识别抄袭行为，维护学术环境的纯净。为避免知网查重标记，作者在撰写论文时应注重引用规范，避免直接复制粘贴他人的成果，提高文献质量和原创性。

另外，知网查重还会做标记是为了帮助作者自查文献的原创性和学术质量。通过查重标记，作者可以清晰地了解自己论文中存在的重复内容，及时进行修改和完善，提升论文质量。因此，知网查重标记实际上是对作者的一种提醒和督促，促使作者更加注重学术规范，确保学术作品的独立性和质量。